Выделяют три основных виды коралловых рифов — окаймляющие, барьерные и атоллы. Кроме того, существует еще пять промежуточных форм, характеристики которых отличаются не намного: лоскутный, островной, банка, линейный и столовый риф.
Самыми распространенными являются окаймляющие рифы — примыкающие к берегу и расположенные почти параллельно ему. Между ними может быть мелкий пролив, но его может и не быть.
Находятся такие рифы на верхних континентальных шельфах, представляют собой растущие вверх кораллы и создают подводный барьер между морем и сушей. Они могут изменять конфигурацию берега или формировать дуги (атоллы) коралловых островов.
Барьерные рифы тоже тянутся параллельно берегу, но находятся гораздо дальше в открытом море — иногда на много километров. Они отделены от суши глубокой лагуной. Эти рифы бывают огромными, протяженностью в десятки километров, уходящими на большую глубину и широко раскинувшимися. Но при этом в них все еще присутствуют особые зоны роста кораллов. Самым известным из таких коралловых рифов является Большой Барьерный риф, который протянулся вдоль северо-восточного побережья Австралии на 2500 км. Белизский Барьерный риф — второй по величине. Он простирается на почти 900 км вдоль берегов Южной Мексики, Белиза и Гондураса.
Атоллы — это коралловые острова, имеющие вид сплошного или разорванного кольца, окружающего лагуну. В основном они встречаются в тропических зонах Тихого океана. Атолл представляет собой возвышение на дне океана, увенчанное коралловой «короной», образующей риф с группой разобщенных проливами островков. Существуют два типа атоллов — на континентальных шельфах и те, которые поднимаются с океанских глубин. Большинство атоллов произошло от древних вулканов, и для формирования им понадобилось не менее 30 млн лет.
Обычно атолл начинает формироваться как окаймляющий вулканические острова риф. Масса его кораллов увеличивается по мере того, как вулканический остров постепенно погружается. В конце концов спустя десятки тысяч лет он полностью погружается в воду и исчезает, оставляя после себя чистую лагуну, окруженную кораллами. Грядами атоллов являются острова Туа-моту, Маршалловы острова, Мальдивы и острова Кораллового моря в Тихом океане. Самая большая гряда атоллов находится в Индийском океане — Банка Большой Чагос, входящая в состав архипелага Чагос. Она занимает площадь 12 642 км2, из которых только приблизительно 4,5 км2 приходится на сушу.